Variation, evolution, and correlation analysis of C+G content and genome or chromosome size in different kingdoms and phyla.

Li, X.-Q. et Du, D. (2014). « Variation, evolution, and correlation analysis of C+G content and genome or chromosome size in different kingdoms and phyla. », PLoS ONE, 9(2: Article e88339). doi : 10.1371/journal.pone.0088339  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

On sait qu’il existe une corrélation entre la teneur en C+G (teneur GC ou teneur en G+C) et la taille du génome (chromosome) chez les bactéries, mais dans les autres règnes, cette corrélation n’est pas claire. Avec les travaux présentés ici, nous avons analysé la taille du génome, la taille des chromosomes et la composition en bases de la plupart des génomes séquencés disponibles d’organismes de différents règnes. Chez les végétaux et les animaux, la taille du génome a tendance à augmenter avec l’évolution, et il en va probablement de même avec les bactéries. Nous avons constaté que la teneur en C+G du génome varie considérablement chez les microorganismes, mais qu’elle est relativement similaire dans un même sous-règne végétal ou animal. Chez les animaux et les végétaux, les teneurs en C+G varient comme suit : plantes monocotylédones > mammifères >animaux non mammaliens >plantes dicotylédones. La teneur en C+G varie plus entre les différentes espèces animales que végétales. Nous avons observé une corrélation positive entre la teneur moyenne en C+G et la longueur des chromosomes chez les Protéobactéries, les Actinobactéries (mais non chez les autres phylums bactériens analysés), chez les champignons Ascomycètes et probablement aussi chez certaines plantes; la corrélation était négative chez certains animaux, elle était non significative chez deux phylums protistes et probablement très faible chez les Archées. De toute évidence, la corrélation entre la teneur en C+G et la taille des chromosomes peut être positive, négative ou non significative, selon le règne, le groupe ou l’espèce. Les profils de corrélation entre la taille des chromosomes et la teneur en C+G varient selon les phylums et les espèces. Chez une même espèce, la plupart des chromosomes ont un profil de variation en C+G similaire, mais les cas aberrants sont tout de même courants. Les données que nous présentons ici semblent indiquer que la teneur en C+G est déterminée par des facteurs génétiques en trans- et en cis-, et que la corrélation entre la teneur en C+G et la longueur des chromosomes peut être positive, négative ou non significative selon les phylums.

Date de modification :