Use of sodium lauroyl sarcosinate (sarkosyl) in viable real-time PCR for enumeration of Escherichia coli.

Wang, H., Gill, C.O., et Yang, X.Q. (2014). « Use of sodium lauroyl sarcosinate (sarkosyl) in viable real-time PCR for enumeration of Escherichia coli. », Journal of Microbiological Methods, 98(1), p. 89-93. doi : 10.1016/j.mimet.2014.01.004  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La membrane cellulaire des bactéries Escherichia coli inactivées n’est pas toujours perméable au monoazide de propidium (PMA), ce qui limite l’utilisation du PMA couplé à la PCR en temps réel (PMA‑qPCR) pour la quantification de l’ADN des cellules viables uniquement, en vue du dénombrement d’E. coli. Dans le cadre de notre étude, nous voulions mettre au point des méthodes PMA‑qPCR pour E. coli plus sélectives pour les cellules viables. Des souches d’E. coli inactivées par incubation à 52 °C ont été traitées avec 12 détergents avant le traitement au PMA, et l’ADN a été quantifié par PCR en temps réel. Le traitement avec chacun des 12 détergents et le PMA a accru les valeurs de cycle seuil, ou Ct (threshold cycle), pour les suspensions d’E. coli inactivées par la chaleur. C’est avec le sarkosyl que nous avons obtenu l’augmentation la plus forte, soit 10,68 Ct. Le traitement au désoxycholate de sodium (NaDC) a augmenté la valeur Ct de 8,99 Ct. Le traitement au sarkosyl ou au NaDC de 16 mélanges de 5 souches d’E. coli vérotoxinogènes (VTEC) traités à la chaleur a augmenté les valeurs Ct moyennes de 8,15 ou de 6,82 Ct, respectivement. Ces valeurs moyennes étaient significativement (P < 0,05) différentes. Lorsqu’elles ont été utilisées pour le dénombrement des bactéries E. coli viables dans les suspensions traitées à l’acide lactique ou dans les mélanges d’E. coli viables et d’E. coli inactivées par l’acide peroxyacétique, les pentes du rapport entre les valeurs Ct des échantillons traités au sarkosyl et les nombres d’E. coli viables étaient de 2,24 et de 2,47, respectivement, avec des coefficients de régression ≥ 0,85. Nos résultats montrent que le sarkosyl a été plus efficace que le NaDC pour dissiper les barrières au PMA des membranes des cellules inactivées d’E. coli. Les cellules viables d’E. coli qui se trouvent dans des mélanges de cellules viables d’E. coli et de cellules d’E. coli inactivées par la chaleur, l’acide lactique ou l’acide peroxyacétique pourraient être comptées de façon fiable grâce à l’utilisation du sarkosyl et de la PMA‑qPCR.

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