Effect of Handling and Storage Conditions and Stabilizing Agent on the Recovery of Viral RNA from Oral Fluid of Pigs.

Jones, T.H. et Muehlhauser, V. (2014). « Effect of Handling and Storage Conditions and Stabilizing Agent on the Recovery of Viral RNA from Oral Fluid of Pigs. », Journal of Virological Methods, 198, p. 26-31. doi : 10.1016/j.jviromet.2013.12.011  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’analyse du liquide buccal suscite de plus en plus l’intérêt comme moyen d’évaluer la santé des troupeaux et d’étudier la circulation des virus dans les populations porcines commerciales. Or, on sait peu de choses sur la stabilité des virus dans le liquide buccal. L’hépatite E est une zoonose virale qui se propage dans les troupeaux porcins. Il serait utile d’avoir de l’information sur les méthodes optimales de manipulation du liquide buccal telles que les traitements à la chaleur, la congélation et l’addition d’agents stabilisateurs de l’ARN pour prévenir ou limiter la dégradation de l’ARN viral par les enzymes. Nous avons entrepris les travaux décrits ici pour déterminer les conditions de manipulation optimales du liquide buccal avant l’extraction de l’ARN et pour comparer la performance de la mini-trousse RNeasy Protect Saliva, qui comprend un stabilisateur, avec la mini-trousse QIAamp Viral RNA, qui n’en comprend pas. D’après les travaux préliminaires réalisés sur du liquide buccal dans lequel le virus de l’hépatite E a été inoculé, un traitement à la chaleur consistant en une incubation de 15 min à 60 ° a eu un effet nuisible sur l’ARN du virus de l’hépatite E. Par ailleurs, lorsque le liquide buccal a été incubé, sans stabilisateur, ≤24 h à 4 °C et 30 jours à −20 °C, l’extraction avec la trousse QiaAMP a permis de récupérer le virus de l’hépatite E dans 25 échantillons sur 25 et dans 24 sur 25, respectivement. Par contre, lorsque le liquide buccal a été incubé avec un stabilisateur 24 h à 37 °C et 30 jours à −20 °C, l’ARN du virus de l’hépatite E a été détecté dans 16 échantillons sur 25 et dans 11 sur 25 après extraction avec la trousse RNeasy Protect Saliva. De plus, le nombre moyen de copies génomiques du virus de l’hépatite E par mL de liquide buccal conservé à −20 °C sans stabilisateur dépassait de 2,9 unités logarithmiques celui obtenu pour le liquide conservé à −20 °C avec un stabilisateur. La récupération de l’ARN du virus de l’hépatite E, du coliphage MS2 ARN F-spécifique et du norovirus murin, substituts de norovirus, a été supérieure dans une mesure significative pour le liquide buccal incubé 24 h à 4 °C par comparaison à ce qui a été mesuré pour le liquide buccal stabilisé avec le réactif de la trousse RNAprotect Saliva Reagent et incubé 24 h à 37 °C, les différences relatives entre les deux méthodes étant de 1,4, 1,8 et 2,7 log de copies génomiques par mL pour le MS2, le norovirus murin et le virus de l’hépatite E, respectivement. Ces résultats semblent indiquer qu’il n’est pas nécessaire de stabiliser le liquide buccal du porc pour la détection de l’ARN viral, à condition que les échantillons soient conservés à 4 °C ou congelés à −20 °C, et que la mini-trousse RNeasy Protect Saliva n’a pas donné de bons résultats pour la détection de l’ARN viral.

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