Comparison of two poultry litter qPCR assays targeting the 16S rRNA gene of Brevibacterium sp.

Ryu, H., Elk, M., Khan, I.U.H., Harwood, V.J., Molina Casanova, A., Molina, M., Edge, T.A., et Santo Domingoa, J. (2014). « Comparison of two poultry litter qPCR assays targeting the 16S rRNA gene of Brevibacterium sp. », Water Research, 48, p. 613-621. doi : 10.1016/j.watres.2013.10.015  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les matières fécales des poulets contiennent fréquemment des agents pathogènes pour les humains et sont d’importantes sources de pollution d’origine fécale dans les eaux de l’environnement. Pour faire les études de surveillance de la santé publique et de l’environnement, il faut par conséquent des méthodes capables de détecter la pollution provenant des matières fécales des poulets. Dans la présente étude, nous avons comparé une épreuve qPCR au SYBR Green existante (LA35) à une épreuve qPCR TaqMan nouvellement mise au point (CL) pour la détection dans l’environnement de la pollution d’origine fécale associée à la volaille. Nous avons testé les deux épreuves avec de la litière de poulet (n = 40), des échantillons de matières fécales de poulets (n = 186), des matières fécales ne provenant pas de poulets (n = 484) et des échantillons d’eau de l’environnement (n = 323). La majorité des échantillons de litière de poulet (≥ 98 %) présentaient des résultats positifs aux deux épreuves, avec une intensité des signaux relativement élevée, tandis que seulement 23 % et 12 % des échantillons de matières fécales de volaille (n = 186) étaient positifs avec les épreuves LA35 et CL, respectivement. Les données provenant des échantillons de matières fécales des espèces animales non ciblées ont révélé que les épreuves sont fortement associées à l’hôte (≥ 95 %). Les modèles statistiques bayésiens ont montré que les deux épreuves sont associées à une probabilité relativement faible de signaux faussement positifs ou faussement négatifs dans les échantillons d’eau. La prévalence du marqueur CL a été plus faible que celle de l’épreuve LA35 lors de l’analyse des échantillons d’eau de l’environnement (21 % de signaux positifs contre 31 %). Cependant, en combinant les résultats des deux épreuves, nous avons constaté que les taux de détection ont augmenté pour atteindre 41 %, ce qui porte à croire que l’utilisation d'épreuves multiples peut améliorer la détection de la pollution provenant des matières fécales de poulet dans les eaux de l’environnement.

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