Pyrosequencing reveals how pulses influence rhizobacterial communities with feedback on wheat growth in the semiarid Prairie.

Yang, C., Hamel, C., Gan, Y.T., et Vujanovic, V. (2013). « Pyrosequencing reveals how pulses influence rhizobacterial communities with feedback on wheat growth in the semiarid Prairie. », Plant and Soil, 367(1-2), p. 493-505. doi : 10.1007/s11104-012-1485-z  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte et objectifs Certaines observations indiquent que les végétaux modifient leur environnement microbien, ce qui pourrait expliquer les effets bénéfiques de la rotation des cultures. Cependant, on connaît encore mal les changements de structure et de fonctionnalité de la communauté microbienne qui sont associés à ces effets. Méthodes Nous avons utilisé une amplification par réaction en chaîne de la polymérase (PCR) et un pyroséquençage des amplicons au moyen d’un appareil 454 GS FLX pour décrire la composition de la communauté rhizobactérienne se formant en présence du pois, espèce utilisée dans les rotations pour promouvoir la croissance, et de trois génotypes du pois chiche, espèce jugée moins avantageuse dans les rotations. Ensuite, au moyen d’essais en serre, nous avons évalué la capacité des diverses communautés rhizobactériennes à favoriser la croissance du blé. Résultats Les communautés rhizobactériennes sélectionnées à l’aide du pois ou du pois chiche ‘CDC Luna’ au cours de 2008, une année pluvieuse, ont favorisé la croissance du blé dur, tandis celles sélectionnées à l’aide des pois chiches ‘CDC Vanguard’ et ‘CDC Frontier’ n’ont eu aucun effet sur la croissance. En 2009, une année sèche, les diverses plantes ont eu peu d’effet sur la croissance, ce qui montre que l’humidité disponible est un facteur de première importance pour la dynamique des communautés microbiennes du sol. Conclusion L’effet des cultures de légumineuses sur la qualité biologique du sol varie selon l’espèce et le génotype de la légumineuse utilisée, et certains génotypes de pois chiche peuvent avoir un effet positif, dans le cadre d’une rotation des cultures, sur la croissance du blé. L’intensité de l’effet de la rotation sur la qualité biologique du sol est modulée par l’abondance des précipitations.

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