RNA polyadenylation sites on the genomes of microorganisms, animals, and plants.

Li, X.-Q. et Du, D. (2013). « RNA polyadenylation sites on the genomes of microorganisms, animals, and plants. », PLoS ONE, 8(11: Article e79511). doi : 10.1371/journal.pone.0079511  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le clivage et la polyadénylation subséquente de l’extrémité 3’ de l’ARN prémessager est un mécanisme de régulation important de l’expression génique. Comparativement aux motifs en amont et en aval, on en connaît bien peu sur les différences entre les sites de polyadénylation [poly(A)] des espèces des grands règnes du vivant. Nous pensons que les sites poly(A) sont probablement très sélectifs et avons cartographié les sites poly(A) de l’ARNm de génomes entiers et presque entiers en utilisant les séquences d’ARNm de la base de nucléotides du National Center for Biotechnology Information (NCBI). Nous décrivons, ici, le nucléotide de l’ARNm [c’est-à-dire le nucléotide à la position de fixation de la queue poly(A)] lié à la première adénosine de la queue poly(A) et le nucléotide de l’ARN prémessager [c’est-à-dire la position de départ de la queue poly(A)] correspondant à la première adénosine de la queue poly(A) de l’ARNm chez les 29 espèces les plus cartographiées (2 champignons, 2 protistes, 18 animaux et 7 plantes). Les dinucléotides les plus courants de ces deux positions de l’ARN prémessager étaient : UA, CA et GA chez 17, 10 et 2 des espèces, respectivement. Le nucléotide de l’ARN prémessager se trouvant au début de la queue poly(A) de l’ARNm était habituellement une adénosine [sites poly(A) de type A], parfois une uridine et à l’occasion, une cytidine ou une guanosine. À la position de fixation, l’ordre de fréquence décroissant était U>C>G, tandis qu’à la position de départ de la queue poly(A), l’ordre de fréquence décroissant des nucléotides était A>>U>C≥G. Toutefois, comparativement à la composition nucléotidique de l’ARNm (composition en bases), la position de fixation de la queue poly(A) privilégie la C plutôt que l’U chez les plantes, et la C et la G plutôt que l’U chez les animaux, et ce, tant dans les sites poly(A) de type A que les sites poly(A) de type non A. Nous avons constaté des différences marquées entre les animaux, les plantes monocotylédones et les plantes dicotylédones dans les rapports C/G aux sites de fixation de type non A de la queue poly(A). Cette étude sur l’évolution des sites poly(A) révèle que deux positions dans les sites poly(A) présentent une composition nucléotidique distincte, laquelle diffère selon le règne.

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