Characterization of the Upper Respiratory Tract Microbiomes of Patients with Pandemic H1N1 Influenza.

Chaban, B.L., Albert, A., Links, M.G., Gardy, J., Tang, P., et Hill, J.E. (2013). « Characterization of the Upper Respiratory Tract Microbiomes of Patients with Pandemic H1N1 Influenza. », PLoS ONE, 8(7), p. e69559. doi : 10.1371/journal.pone.0069559  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le microbiome des voies respiratoires supérieures joue un rôle important dans la santé respiratoire. L’influenza A est une infection virale courante qui altère la santé des voies respiratoires et qui peut engendrer une pneumonie bactérienne. Étant donné le lien entre ces deux maladies, nous avons voulu caractériser le microbiote des voies respiratoires supérieures des personnes touchées par la pandémie d’influenza A H1N1 en 2009 et voir s’il y avait une corrélation entre le profil du microbiome et les caractéristiques des patients. Nous avons utilisé l’amplification au moyen de la cible universelle cpn60 et le séquençage pour déterminer le profil microbien de 65 échantillons prélevés chez des patients atteints du virus H1N1. Nous avons analysé les profils microbiens des échantillons en fonction des phylums et des plus proches voisins. Les caractéristiques des patients que nous avons utilisées étaient les suivantes : sexe, âge, autorité sanitaire à l’origine du prélèvement, type d’échantillon et mention (STAT/non-STAT). Sur le plan du phylum, nous avons vu des microbiomes dominés par des actinobactéries, des firmicutes et des protéobactéries, sans qu’aucune des caractéristiques des patients ne semble influer de manière significative sur la composition des profils. Sur le plan des plus proches voisins, les microbiomes observés étaient composés de 13 à 20 « espèces » et avaient tendance à être plus diversifiés avec l’âge des patients. Il est intéressant de noter que sur le plan individuel, le microbiote de la plupart des patients était dominé par un, deux ou trois organismes déterminés. Nous avons observé un nombre restreint de profils de microbiome discrets, communs à certains patients qui étaient indépendants des caractéristiques de ces patients. Pour évaluer la validité des analyses issues de l’abondance des séquences, nous avons déterminé la quantité de plusieurs espèces de bactéries par PCR quantitative et l’avons comparée au nombre de lectures de cpn60 obtenues dans l’étude. Cette analyse a révélé une forte corrélation positive entre l’abondance des lectures et le nombre absolu de bactéries. Notre étude est la première à examiner le microbiome des voies respiratoires supérieures avec une cible autre le gène de l’ARNr 16S et, à notre connaissance, la première étude approfondie de ce mibrobiome durant une infection virale.

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