Complete genomic sequence of a Rubus yellow net virus isolate and detection of genome-wide pararetrovirus-derived small RNAs.

Kalischuk, M.L., Fusaro, A.F., Waterhouse, P.M., Pappu, H., et Kawchuk, L.M. (2013). « Complete genomic sequence of a Rubus yellow net virus isolate and detection of genome-wide pararetrovirus-derived small RNAs. », Virus Research. doi : 10.1016/j.virusres.2013.09.026  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le virus de la jaunisse reticulée de la ronce (Rubus yellow net virus, ou RYNV) a été clôné et séquencé à partir d’un plant de framboisier rouge (Rubus idaeus L.) dont les feuilles présentaient des symptômes de mosaïque et des mouchetures. La séquence génomique obtenue indique que le virus est caractéristique du genre Badnavirus et se compose de 7 932 pb et de sept ORF (cadres de lecture ouverts), les trois premiers correspondant, en termes de taille et d’emplacement, aux ORF du virus type Commelina yellow mottle virus. L’analyse bioinformatique de la séquence génomique a permis de détecter plusieurs caractéristiques, dont des motifs de liaison à l’acide nucléique, de multiples séquences semblables à des doigts de zinc et des domaines associés à la signalisation cellulaire. En procédant au séquençage des petits ARN de tissus foliaires de R. idaeus infectés par le RYNV, nous avons pu déterminer les séquences du RYNV ciblées par le silençage de l’ARN et détecter de grandes quantités de petits ARN viraux. La majorité de ces petits ARN mesuraient 22 nucléotides de longueur. Nous avons observé une répartition très inégale, à l’échelle du génome, des petits ARN viraux, ceux-ci étant nettement regroupés dans de petites régions bien définies réparties sur les deux brins du génome du RYNV. Nos données montrent que, chez le framboisier rouge, des séquences du pararétrovirus RYNV transmis par les pucerons sont ciblées par la voie d’interférence de l’ARN, qui constitue un important mécanisme de défense des végétaux contre les virus.

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