A comparison of the molecular organization of genomic regions associated with resistance to common bacterial blight in two Phaseolus vulgaris genotypes

Perry, G.E., DiNatale, C., Xie, W., Navabi, A., Reinprecht, Y., Crosby, W.L., Yu, K., Shi, C., et Pauls, K.P. (2013). « A comparison of the molecular organization of genomic regions associated with resistance to common bacterial blight in two Phaseolus vulgaris genotypes », Frontiers in Plant Science, 4(Aug: Article 318). doi : 10.3389/fpls.2013.00318  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Chez Phaseolus vulgaris, la résistance à la graisse bactérienne commune causée par le Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli est conditionnée par plusieurs loci situés sur différents chromosomes. Des travaux antérieurs portant sur le cultivar OAC-Rex, un haricot d’origine mésoaméricaine résistant à la graisse bactérienne commune, ont permis de repérer deux loci de résistance, associés aux marqueurs moléculaires Pv-CTT001 et SU91, sur les chromosomes 4 et 8, respectivement. La résistance à la graisse bactérienne commune résulterait d’un croisement interspécifique avec le Phaseolus acutifolius chez les ancêtres du cultivar OAC-Rex. Les travaux de séquençage du génome d’OAC-Rex que nous menons actuellement nous ont donné l’occasion de comparer les régions génomiques associées à la résistance à la graisse bactérienne commune d’OAC-Rex avec la séquence génomique v1.0 de la lignée G19833 du P. vulgaris, un haricot à grosses graines d’origine andine présumé sensible à la graisse bactérienne commune. De plus, nous avons comparé les régions génomiques renfermant le SAP6, un marqueur situé sur le chromosome 10 et associé à la résistance à la graisse bactérienne commune provenant du P. vulgaris. Ces analyses ont indiqué la forte conservation du contenu génique entre la lignée G19833 et le cultivar OAC-Rex dans les régions étudiées (> 80 %). Toutefois, 59 gènes propres au cultivar OAC‑Rex ont été identifiés, les homologues des gènes de résistance (10 gènes identifiés) constituant le groupe le plus important. Deux gènes propres au cultivar OAC-Rex, situés dans le QTL de résistance SU91, une homologie avec des EST de P. acutifolius et pourraient être des sources de résistance à la graisse bactérienne commune. Lorsque l’assemblage de la séquence génomique du cultivar OAC-Rex sera terminé, nous pensons que d’autres comparaisons avec le génome de la lignée G19833 nous permettront de mieux comprendre la résistance à la graisse bactérienne commune chez le haricot.

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