Simultaneous profiling of seed-associated bacteria and fungi reveals antagonistic interactions between microorganisms within a shared epiphytic microbiome on Triticum and Brassica seeds.

Links, M.G., Demeke, T., Gräfenhan, T., Hill, J.E., Hemmingsen, S.M., et Dumonceaux, T.J. (2014). « Simultaneous profiling of seed-associated bacteria and fungi reveals antagonistic interactions between microorganisms within a shared epiphytic microbiome on Triticum and Brassica seeds. », New Phytologist, 202(2), p. 542-553. doi : 10.1111/nph.12693  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

• Afin de vérifier l’hypothèse selon laquelle les semences provenant de plantes écologiquement et géographiquement diversifiées abritent un microbiote épiphytique caractéristique, on a caractérisé les microbiotes fongique et bactérien associés aux surfaces de semences de Triticum et de Brassica. • On a déterminé le complément microbien total par amplification et séquençage d’un fragment de chaperonine-60 (cpn60). Les microorganismes spécifiques ont été quantifiés par PCR quantitative. On a ensuite isolé les bactéries et les moisissures correspondant aux unités taxonomiques fonctionnelles (UTF) qui avaient été identifiées durant l’étude de séquençage, puis on a examiné leurs interactions. • On a observé un total de 5477 UTF dans l’eau de lavage des semences. Aucune différence significative importante n’a été constatée entre les types de semences tant pour ce qui est de la charge bactérienne épiphytique totale que de la richesse/régularité de la communauté; 578 UTF étaient communes à tous les échantillons selon divers degrés d’abondance. Un regroupement hiérarchique a révélé une différence significative dans l’abondance de 203 UTF sur les semences de Triticum / comparativement aux semences de Brassica. Chez les microorganismes isolés à partir des semences, on a observé une correspondance de 99-100 % entre les séquences cpn60 des isolats et les séquences des UTF appartenant à ce microbiome de base. Les souches bactériennes identifiées comme étant Pantoea agglomerans affichaient des propriétés antagonistes à l’endroit d’un des isolats fongiques (Alternaria sp.), ce qui peut expliquer leur abondance réciproque sur les semences de Triticum et de Brassica. • Le chaperonine-60 (cpn60 ) a rendu possible le profilage simultané des microbiotes bactérien et fongique et a permis de révéler l’existence d’un microbiote de base associé aux semences et partagé par divers genres de végétaux.

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