Genetic diversity and population structure in a world collection of Brassica napus accessions with emphasis on those from South Korea, Japan and Pakistan.

Gyawali, S., Hegedus, D.D., Parkin, I.A.P., Poon, J., Higgins, E.E., Horner, K., Bekkaoui, D.R., Coutu, C., et Buchwaldt, L. (2013). « Genetic diversity and population structure in a world collection of Brassica napus accessions with emphasis on those from South Korea, Japan and Pakistan. », Crop Science, 53(4), p. 1537-1545. doi : 10.2135/cropsci2012.10.0614  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

• L’obtention d’information sur la diversité génétique et la structure des populations de Brassica napus L est nécessaire pour poursuivre l’amélioration de cette plante cultivée. En tout, 169 lignées de B. napus, recueillies entre 1970 et 2000 en Australie, au Canada, en Chine, en Europe, au Japon, au Pakistan et en Corée du Sud, ont été génotypées au moyen de 84 marqueurs SSR (simple sequence repeat). Selon la diversité génétique non biaisée de Nei (H) et l’indice d’information de Shannon (SI), les lignées provenant d’Europe affichaient la plus grande diversité génétique, suivies des lignées provenant de Corée du Sud, du Japon, de Chine et du Pakistan, tandis que les lignées provenant d’Australie et du Canada présentaient la plus faible diversité. La comparaison par paire des populations au moyen de l’identité génétique (I) et de la distance génétique de Nei (D) a révélé une plus grande différenciation entre les lignées d’Australie et du Canada qu’entre les lignées de Chine et du Pakistan. Les spécimens provenant de Corée du Sud et du Japon étaient les plus similaires, ce qui confirme l’échange historique de matériel génétique. L’analyse des allèles uniques et de la richesse allélique a indiqué que la population pakistanaise était la plus riche, suivie des populations européenne et sud-coréenne. L’analyse de variance moléculaire a révélé que 9 % de la variation était liée à la région géographique et 91 %, aux lignées. L’analyse de la structure et l’analyse en coordonnées principales ont toutes deux indiqué l’existence de deux sous-populations dans la collection, ce qui confirme la séparation des génotypes due à une adaptation liée au port de la plante. L’information sur les génotypes de B. napus contenant des allèles uniques peut être utilisée dans le cadre des programmes entrepris dans différentes parties du monde pour améliorer les caractères agronomiques et l’adaptabilité de l’espèce.

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