Conserved microstructure of the Brassica B Genome of Brassica nigra in relation to homologous regions of Arabidopsis thaliana, B. rapa and B. oleracea.

Navabi, Z.-K., Huebert, T., Sharpe, A.G., O'Neill, C.M., Bancroft, I., et Parkin, I.A.P. (2013). « Conserved microstructure of the Brassica B Genome of Brassica nigra in relation to homologous regions of Arabidopsis thaliana, B. rapa and B. oleracea. », BMC Genomics, 14(1), p. 250-250. doi : 10.1186/1471-2164-14-250  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte. Même si le génome B des espèces du genre Brassica comprend plusieurs caractères importants, il n’y a eu que peu d’analyses sur la structure fondamentale de ce génome en comparaison, notamment, des études faites sur les génomes A et C, qui y sont étroitement apparentés. Nous avons construit une banque de chromosomes bactériens artificiels (BAC) de l’espèce Brassica nigra et l’avons criblée avec 17 gènes d’une région de 222 kb d’A. thaliana bien caractérisée dans les génomes A et C de Brassica. Résultats. L’analyse de 483 clones apparemment non redondants a permis de définir des contigs physiques des régions correspondantes chez B. nigra. La région cible est dupliquée chez A. thaliana, et nous avons trouvé, chez B. nigra, six contigs homologues résultant de la triplication du génome entier qui s’est produite chez la tribu des Brassiceae.Nous avons séquencé des clones représentatifs de chaque région afin de déterminer la quantité de réarrangements à petite échelle qu’il y aurait eus chez le genre Brassica. Conclusions. Même si les espèces au génome B se sont séparées de la lignée A/C il y a quelque 6 millions d’années, les comparaisons entre les trois génomes paléo-polyploïdes des Brassica révèlent une grande conservation du contenu génique et de l’identité de séquence. Le degré de fractionnement ou de perte génique variait selon les génomes et les régions génomiques, mais la perte génique la plus importante a touché les trois génomes de la même façon. Un réarrangement chromosomique à grande échelle distinguait le génome B, donnant à penser que de tels événements pourraient contribuer à l’absence de recombinaison observée entre les espèces au génome B et celles de la lignée A/C étroitement apparentée.

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