Arguments for standardizing transposable element annotation in plant genomes.

Ragupathy, R., You, F.M., et Cloutier, S. (2013). « Arguments for standardizing transposable element annotation in plant genomes. », Trends in Plant Science. doi : 10.1016/j.tplants.2013.03.005  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Chez de nombreuses plantes, les séquences du génome entier ont été assemblées. L’annotation des éléments transposables (ET), lesquels représentent une grande partie du génome des plantes et jouent un rôle important dans les modifications épigénétiques provoquées par le stress, n’a toutefois pas suscité le même intérêt que l’étude des gènes. Dans cet article d’opinion, nous faisons valoir que ce manque de caractérisation fine des fractions répétées ainsi que de méthodes d’annotation cohérentes nuit à notre compréhension des effets des ET sur l’épigénome et de leurs répercussions sur l’expression des gènes et la transmission non mendélienne des caractères. Sur l’échelle évolutive, d’importants changements structuraux se produisent, même si la régulation épigénétique assurée par les ET peut survenir en une seule génération, ce qui accentue d’autant la nécessité d’une méthode d’annotation normalisée.

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