Extractions of High Quality RNA from the Seeds of Jerusalem Artichoke and Other Plant Species with High Levels of Starch and Lipid.

Mornkham, T., Wangsomnuk, P.P., Fu, Y.B., Wangsomnuk, P., Jogloy, S., et Patanothai, A. (2013). « Extractions of High Quality RNA from the Seeds of Jerusalem Artichoke and Other Plant Species with High Levels of Starch and Lipid. », Plants, 2, p. 302-316. doi : 10.3390/plants2020302  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le topinambour (Helianthus tuberosus L.) est une plante tubéreuse vivrière d’importance, mais comme ses graines ont forte teneur en amidon et en lipides, il est extrêmement difficile d’en extraire de l’ARN de bonne qualité pour l’étude de l’expression génique. Nos travaux visaient à améliorer les méthodes existantes d’extraction de l’ARN total des graines séchées du topinambour ainsi qu’à évaluer l’utilité des méthodes améliorées chez d’autres espèces végétales. Nous avons examiné cinq méthodes d’extraction de l’ARN du topinambour et en avons modifié deux. L’une d’elles, qui a été améliorée dans une mesure significative, a servi à analyser les graines de différents spécimens de topinambour, des graines de tournesol, de riz, de maïs, d’arachide et de souci. Nous avons évalué l’efficacité de la nouvelle méthode à extraire l’ARN total des graines au moyen de l’analyse par qPCR de quatre gènes. Avec la méthode améliorée de Ma et Yang (2011), qui a permis d’éliminer la plupart des substances interférentes, nous avons obtenu entre 29 et 41 µg d’ARN/30 mg poids frais, et il s’agissait d’ARN à solubilité maximale. Le rapport A260/A280 qui variait de 1,79 à 2,22 témoigne de la pureté de l’ARN extrait, lequel pouvait être utilisé dans des applications comme la synthèse d’ADNc (transcription inverse), le clonage de l’ADNc et la qPCR. La méthode améliorée s’est aussi révélée efficace pour extraire l’ARN total des graines du tournesol, du riz, du maïs et de l’arachide, qui sont riches en polyphénols, en lipides et en polysaccharides.

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