Effect of antimicrobial growth promoter administration on the intestinal microbiota of beef cattle.

Reti, K.L., Thomas, M.C., Yanke, L.J., Selinger, L.B., et Inglis, G.D. (2013). « Effect of antimicrobial growth promoter administration on the intestinal microbiota of beef cattle. », Gut Pathogens, 5:8. doi : 10.1186/1757-4749-5-8  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte : Les facteurs de croissance antimicrobiens (FCA) sont des agents antimicrobiens donnés aux animaux d’élevage par l’intermédiaire des aliments et pour des périodes prolongées afin d’accroître l’indice de consommation. Au Canada et aux États‑Unis, les bovins de boucherie sont principalement engraissés dans des exploitations d’engraissement confinées et l’administration de FCA tels que la chlortétracycline et la sulfadimidine (Aureo S‑700 G) est la norme. Actuellement, on connaît mal les effets des FAC sur le microbiote intestinal des bovins de boucherie; il a été démontré que les FCA administrés aux bovins de boucherie passent par le rumen et entrent dans l’intestin. Pour évaluer les effets d’Aureo S‑700 G sur le microbiote de l’intestin grêle et du gros intestin des bovins de boucherie (associé aux muqueuses et dans le digesta), nous avons eu recours à l’analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux (T‑RFLP) et à la PCR quantitative (qPCR) pour les bactéries totales. Nous avons gardé les bovins dans un parc d’engraissement expérimental (cinq enclos répétés par traitement); les bovins traités ont reçu Aureo S‑700 G par l’intermédiaire de leurs aliments, tandis que les bovins témoins n’ont reçu aucun agent antimicrobien. Étant donné que le microbiote des bovins de boucherie n’a pas été examiné en profondeur, nous avons analysé les banques de clones pour déterminer les principaux constituants bactériens du microbiote intestinal. Résultats : L’analyse comparative au moyen du T‑RFLP et de la qPCR (n = 122 échantillons) a révélé que les empreintes génétiques de la communauté bactérienne et la charge bactérienne dans le digesta différaient de celles associées aux muqueuses. Cependant, par comparaison aux bovins témoins, l’administration d’Aureo S‑700 G n’a eu aucun effet sur les empreintes génétiques de la communauté bactérienne ou sur la charge bactérienne dans l’intestin grêle et le gros intestin. L’analyse de plus de 1 500 clones d’ADNr 16S quasi complets a révélé une diversité bactérienne considérablement plus grande dans le gros intestin que dans l’intestin grêle. Les communautés bactériennes associées aux muqueuses du jéjunum étaient dominées par les protéobactéries et elles différaient de façon notable de celles de l’iléon et du gros intestin. Même si certains clones bactériens de l’iléon étaient communs à ceux du jéjunum et du cæcum, ce sont les clones de Firmicutes associés aux muqueuses qui prédominaient dans l’iléon, le cæcum et le côlon descendant. Dans le côlon descendant, l’analyse des banques de clones n’a montré aucune différence dans la richesse ou la diversité des communautés bactériennes dans le digesta par comparaison aux communautés associées aux muqueuses. Toutefois, l’analyse du T‑RFLP a révélé une différence significative dans l’abondance relative des fragments de restriction terminaux (c.‑à‑d. une différence dans l’abondance relative des taxons) entre les communautés associées aux muqueuses et celles du digesta; cette différence a été attribuée en partie à l’abondance différentielle des Bacteroides, Alistipes, Oscillibacter et des Clostridiales non classés. Conclusion : Ces données démontrent qu’il n’y a eu aucune différence significative dans la composition des constituants bactériens intestinaux prédominants chez les animaux ayant reçu Aureo S‑700 G et chez ceux n’ayant reçu aucun FCA après un délai d’attente de 28 jours.

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