Identification of accessory genome regions in poultry Clostridium perfringens isolates carrying the netB plasmid.

Lepp, D., Gong, J., Songer, J.G., Boerlin, P., Parreira, V.R., et Prescott, J.F. (2013). « Identification of accessory genome regions in poultry Clostridium perfringens isolates carrying the netB plasmid. », Journal of Bacteriology, 195(6), p. 1152-1166. doi : 10.1128/jb.01032-12  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’entérite nécrotique (EN), causée par certaines souches de Clostridium perfringens de type A, est une maladie de la volaille qui a une incidence économique importante. La pathogenèse de l’EN implique la toxine NetB, codée par un gène se trouvant dans un locus de pathogénicité de 42 kb sur un grand plasmide conjugatif. Des études récentes de typage génétique par analyse de séquences multilocus ont permis de mettre en évidence deux groupes clonaux prédominants associés à l’EN, laissant supposer que les gènes de l’hôte interviennent aussi dans la pathogenèse de cette maladie. Nous avons utilisé l’hybridation génomique comparative (CGH, comparative genomic hybridization) sur puce pour évaluer le contenu génique de 54 isolats de volailles en bonne santé ou atteintes d’EN. Nous avons trouvé, en tout, 400 gènes présents à une fréquence variable chez les isolats de volailles de même que chez neuf souches ne provenant pas de volailles, et plusieurs d’entre eux avaient des fonctions putatives associées à l’absorption et au métabolisme des éléments nutritifs, ainsi qu’à la biosynthèse de la paroi cellulaire et de la capsule. Ces gènes de fréquence variable étaient répartis dans 142 régions du génome, parmi lesquelles 49 contenaient des gènes fortement liés à des isolats possédant le gène netB. Ces régions comprenaient trois loci associés à l’EN déjà identifiés de même que plusieurs loci qui semblaient associés à la valeur adaptative, dont un locus de transporteur de glucides de type ABC, un locus de système d’assimilation du fer ferrique par sidérophores et un locus d’adhésion. D’autres loci étaient liés au maintien du plasmide. L’analyse typologique des données obtenues par CGH a permis de grouper les isolats de volailles porteurs du gène netB en deux grands groupes fondés sur deux clones dominants identifiés par l’analyse de séquences multilocus. Dans cette étude, nous avons découvert des loci chromosomiques associés aux souches de volailles porteuses du gène netB, donnant à penser que la présence de loci chromosomiques pourrait conférer un avantage sélectif aux souches provoquant l’entérite nécrotique, peut-être par l’intermédiaire de mécanismes liés à l’absorption de fer, au métabolisme des glucides et au maintien du plasmide.

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