Molecular detection and quantification of Pythium species: Evolving taxonomy, new tools, and challenges.

Schroeder, K.L., Martin, F.N., de Cock, A.W.A.M., Lévesque, C.A., Spies, C.F.J., Okubara, P.A., et Paulitz, T.C. (2013). « Molecular detection and quantification of Pythium species: Evolving taxonomy, new tools, and challenges. », Plant Disease, 97(1), p. 4-20. doi : 10.1094/pdis-03-12-0243-fe  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le genre Pythium est un des plus importants groupes de phytopathogènes transmis par la terre. Ces organismes sont présents dans presque tous les sols agricoles et s’attaquent aux racines de milliers d’hôtes, ce qui réduit le rendement des cultures et la qualité des récoltes. La plupart des espèces sont des pathogènes généralistes et nécrotrophes qui infectent les jeunes tissus. La présence chronique et la répartition ubiquiste du genre Pythium l’ont même fait surnommer « rhume du blé » par Cook et Veseth. Lorsqu’un organisme du genre Pythium provoque la fonte des semis ou réduit le taux de levée, il est facile de l’identifier par une étude des symptômes et une mise en culture du pathogène. Cependant, le diagnostic est plus difficile dans le cas des plantes plus âgées, car les symptômes sont alors peu spécifiques et peuvent être causés par des facteurs abiotiques tels qu’une carence nutritive, ou par d’autres pathogènes provoquant une pourriture des racines. Des méthodes moléculaires permettant une identification et une quantification exactes des organismes du genre Pythium sont requises pour le diagnostic des maladies, pour la recommandation de méthodes de lutte et pour une meilleure compréhension de l’épidémiologie et de l’écologie de ces pathogènes très importants. Le présent article vise à décrire l’état actuel des méthodes permettant de détecter et quantifier ces organismes. Nous présentons en outre quelques changements visant la taxonomie du genre Pythium.

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