Small RNA sequencing of Potato leaf roll virus infected plants reveals an additional subgenomic RNA encoding a sequence-specific RNA-binding protein.

Hwang, Y.T., Kalischuk, M.L., Fusaro, A.F., Waterhouse, P.M., et Kawchuk, L.M. (2013). « Small RNA sequencing of Potato leaf roll virus infected plants reveals an additional subgenomic RNA encoding a sequence-specific RNA-binding protein. », Virology, 438(2), p. 61-69. doi : 10.1016/j.virol.2012.12.012  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le virus de l'enroulement de la pomme de terre (PLRV, Potato leaf roll virus) est constitué d’un ARN monocatnéaire de polarité positive qui génère des ARN subgénomiques servant à l’expression des gènes se trouvant à l’extrémité 3’. Le séquençage des petits ARN et la cartographie des petits ARN issus du PLRV a permis de reconstruire le génome viral entier, à l’exception de quatre intervalles distincts. Ces intervalles correspondaient à des régions du génome du PLRV contenant d’importantes structures secondaires, comme le site d’entrée interne des ribosomes (IRES, internal ribosome entry site) et le site 5’ d’initiation de la transcription des petits ARN subgénomqiues 1 et 2. Le dernier intervalle a été cartographié à environ 500 nucléotides de l’extrémité 3’ du génome du PLRV et sembe indiquer qu’il y aurait un autre petit ARN subgénomqiue chez ce virus. La PCR quantitative et le transfert de Northern ont permis de confirmer l’expression du petit ARN3 subgénomique et d’autres analyses ont révélé que le site d’initiation 5’ de la transcription se trouve à la position 5347 du génome. Nous pensons que le petit ARN3 subgénomique pourrait jouer un rôle dans la régulation, puisqu’il code une protéine de liaison à l’ARN qui est spécifique de l’extrémité 5’ des ARN subgénomiques du PLRV.

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