PIECE: a database for plant gene structure comparison and evolution.

Wang, Y., You, F.M., Lazo, G.R., Luo, M.-C., Thilmony, R., Gordon, S., Kianian, S.F., et Gu, Y.Q. (2013). « PIECE: a database for plant gene structure comparison and evolution. », Nucleic Acids Research, 41(D1), p. D1159-D1166. doi : 10.1093/nar/gks1109  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Dans les familles de gènes, les structures exon–intron varient habituellement en fonction de leur patrimoine évolutif. L’analyse des structures géniques permet de comprendre les relations évolutionnaires et fonctionnelles chez les espèces végétales. Nous présentons ici une base de données génomiques comparatives nommée PIECE (http://wheat.pw.usda.gov/piece) [Plant Intron and Exon Comparison and Evolution studies], qui contient tous les gènes annotés extraits de 25 génomes de plantes qui ont été séquencés. Ces gènes ont été classés d’après le motif Pfam des protéines qu’ils codent. Des arbres phylogénétiques ont été préconstruits pour chacune des catégories de gènes. La base de données PIECE offre une interface conviviale pour les différents types de recherches ainsi qu’un visualiseur graphique qui présente, pour chaque famille de gènes, le diagramme du profil des structures géniques issues du dendrogramme obtenu par bootstrap. L’évolution de la structure génique des groupes de gènes orthologues a été déterminée avec les logiciels GLOOME, Exalign et GECA, accessibles par l’intermédiaire de la base de données PIECE. Celle-ci offre également un logiciel pour le serveur Web, GSDraw, qui permet d’illustrer schématiquement les structures géniques. Le logiciel PIECE est un outil puissant qui permet de comparer les séquences géniques et de mieux comprendre l’évolution de la structure génique des génomes végétaux.

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