Membrane-based oligonucleotide array developed from multiple markers for the detection of many Phytophthora species.

Chen, W., Robleh Djama, Z., Coffey, M.D., Martin, F.N., Bilodeau, G.J., Radmer, L., Denton, G., et Lévesque, C.A. (2013). « Membrane-based oligonucleotide array developed from multiple markers for the detection of many Phytophthora species. », Phytopathology, 103(1), p. 43-54. doi : 10.1094/PHYTO-04-12-0092-R  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La plupart des espèces du genre Phytophthora sont des pathogènes très nuisibles aux végétaux. Il est donc important d’assurer une surveillance efficace et une détection précoce exacte pour prévenir l’apparition de foyers d’infection ou d’épidémies. Nous avons mis au point une puce à oligonucléotides faisant appel à des membranes qui permet une détection fiable de diverses espèces de Phytophthora à partir de trois régions de l’ADN, soit l’espaceur transcrit interne (ITS), l’extrémité 5' du gène de la cytochrome c oxydase 1 (cox1) et l’espaceur cox2‑1, région intergénique séparant le gène cox1 du gène de la cytochrome c oxydase 2 (cox2). Chacun des ensembles de données utilisés renfermait environ 250 séquences, représentatives de 98 espèces décrites et 15 espèces non décrites de Phytophthora. Nous avons validé la puce au moyen de 143 cultures pures et de 35 échantillons prélevés sur le terrain. Utilisés conjointement, les oligonucléotides non rejetés provenant des trois marqueurs ont permis une détection fiable de 82 espèces décrites et 8 espèces non décrites, y compris plusieurs espèces constituant des organismes réglementés ou de quarantaine, dont le P. ramorum. Nos résultats montrent qu’une puce à ADN renfermant des oligonucléotides marqueurs de plusieurs régions du génome procure la robustesse et la redondance requises pour détecter et distinguer des groupes taxonomiques étroitement apparentés. Cette biopuce pourra servir d’outil diagnostique de routine pour les espèces de Phytophthora présentes dans des échantillons environnementaux complexes, sans que des travaux de culture élaborés soient nécessaires.

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