Spatiotemporal Analysis of Cryptosporidium Species/Genotypes and Relationships with Other Zoonotic Pathogens in Surface Water from Mixed use Watersheds.

Wilkes, G.A., Ruecker, N.J., Neumann, N.F., Gannon, V.P.J., Jokinen, C.C., Sunohara, M., Topp, E., Pintar, K.D.M., Edge, T.A., et Lapen, D.R. (2013). « Spatiotemporal Analysis of Cryptosporidium Species/Genotypes and Relationships with Other Zoonotic Pathogens in Surface Water from Mixed use Watersheds. », Applied and Environmental Microbiology, 79(2), p. 434-448. doi : 10.1128/AEM.01924-12  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Durant six ans, nous avons prélevé près de 690 échantillons d’eau de surface brute dans le réseau fluvial de la rivière Nation Sud (Ontario, Canada). Les oocystes de Cryptosporidium dans ces échantillons ont été dénombrés et séquencés, et leur génotype a été déterminé par une analyse phylogénique détaillée. Nous avons rangé les espèces et génotypes ainsi identifiés dans des classes générales d’hôtes et de risque d’infection humaine. Nous avons trouvé les classes d’hôtes animaux sauvages/inconnus, bétail, oiseaux et humains dans respectivement 21, 13, 3 et < 1 % des échantillons d’eau de surface. Le Cryptosporidium andersoni a été l’espèce infectant le bétail la plus fréquemment détectée, tandis que les génotypes Muskrat I et II étaient les génotypes dominants parmi ceux qui infectent les animaux sauvages. Nous avons déterminé la présence ou non de Giardia spp., de Salmonella spp., de Campylobacter spp. et d’E. coli O157:H7 dans tous les échantillons. La plus forte (significative) probabilité de trouver, respectivement, Giardia spp., Campylobacter spp. et Salmonella spp. dans l’eau était associée à la présence de Cryptosporidium des classes d’hôte bétail (rapport des cotes (OR) = 3,1), oiseaux (OR = 4,3) et bétail (OR = 9,3), respectivement. Nous nous sommes servis d’analyses d’arbres de classification et de régression (CART) pour grouper les classes générales d’hôtes et de risque d’infection humaine en fonction d’un large éventail de variables caractérisant l’environnement et l’affectation des sol, tout en suivant la cooccurrence de pathogènes zoonotiques dans ces groupements. La présence de Cryptosporidium associé au bétail présentait la plus forte relation avec la pollution agricole de l’eau l’automne (conditions également liées à une probabilité élevée de présence d’autres pathogènes zoonotiques dans l’eau), tandis que la présence de Cryptosporidium de la classe animaux sauvages/inconnus était associé aux petits cours d’eau moins touchés par le développement urbain ou rural. Les conditions qui favorisent les animaux sauvages n’accroissent pas nécessairement les risques de cryptosporidiose humaine parce que la plupart des Cryptosporidium classés comme ayant des hôtes fauniques (p. ex. les génotypes Muskrat I et II) présentent peu de risque d’infection humaine. Par conséquent, dans une perspective de santé humaine, les pratiques favorisant la faune sauvage dans les bassins versants agricoles ne devraient pas être découragées sous le seul prétexte qu’elles pourraient accroître la contamination fécale des eaux de surface par ces animaux. Notre étude indique plutôt qu’en réduisant la pollution fécale des eaux de surface par le bétail dans cette région, on réduirait sans doute les risques d’infection humaine par le Cryptosporidium et d’autres pathogènes zoonotiques.

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