Culture-Independent Analysis of Pseudomonas Community Structures in Fertilized and Unfertilized Agricultural Soils.

Tambong, J.T. et Xu, R. (2013). « Culture-Independent Analysis of Pseudomonas Community Structures in Fertilized and Unfertilized Agricultural Soils. », Annals of Microbiology, 63(1), p. 323-333. doi : 10.1007/s13213-012-0477-9  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous présentons ici les résultats d’une étude à long terme sur la structure des communautés de Pseudomonas analysée à l’aide de banques de clones d’ARNr 16S issus de parcelles fertilisées et non fertilisées servant à la culture en rotation du maïs et de la luzerne. Les fragments d’ARNr 16S amplifiés par PCR ont été clonés et séquencés. Nous avons analysé au total 729séquences de clones. Parmi celles-ci, 51 séquences, qui étaient de possibles chimères, ont été éliminées. Les 678 séquences restantes appartenaient aux protéobactéries gamma, 61,8 % (419) desquelles appartenaient au genre Pseudomonas. Seulement 23,4% des séquences totales des protéobactéries gamma n’ont pu être classées. L’analyse de raréfaction a révélé que dans les sols non fertilisés, les communautés de protéobactéries gamma et de Pseudomonas étaient plus diversifiées que dans les sols fertilisés, et ce, quel que soit le type de plante cultivée. La structure des communautés de bactéries ou de Pseudomonas était significativement différente entre les parcelles fertilisées et non fertilisées. Les séquences de clones appartenant aux Pseudomonas putida et P.oryzihabitans étaient plus nombreuses dans les banques issues des parcelles fertilisées, tandis que les séquences groupées avec Pseudomonas frederiksbergensis provenaient plus souvent des parcelles non fertilisées. L’analyse en composantes principales a montré que l’application d’engrais a un effet important sur la structure des communautés. Il semble donc, qu’à long terme, l’utilisation d’engrais minéraux puisse influer sur la structure des communautés de Pseudomonas.

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