Genome sequence analysis of five Canadian isolates of Strawberry mottle virus reveals extensive intra-species diversity and a longer RNA2 with increased coding capacity compared to a previously characterized European isolate.

Bhagwat, B., Dickison, V., Ding, X., Walker, M.C., Bernardy, M.G., Bouthillier, M.J., Creelman, A., DeYoung, R.M., Li, Y., Nie, X., Wang, A.M., Xiang, Y., et Sanfaçon, H. (2016). « Genome sequence analysis of five Canadian isolates of Strawberry mottle virus reveals extensive intra-species diversity and a longer RNA2 with increased coding capacity compared to a previously characterized European isolate. », Archives of Virology. doi : 10.1007/s00705-016-2799-6  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous présentons, ici, la séquence du génome de cinq isolats du virus de la marbrure du fraisier (famille des Secoviridae, ordre des Picornavirales) provenant d’échantillons prélevés sur le terrain de plantes symptomatiques dans l’est du Canada. Les isolats canadiens différaient de l’isolat européen 1134 caractérisé précédemment parce que leur ARN2 était plus long, ce qui donnait lieu à une extension de 239 acides aminés dans la région C-terminale de la polyprotéine. L’analyse des séquences a montré qu’il y a eu réassortiment et recombinaison entre les isolats. Quant à l’analyse phylogénétique, elle révèle la diversité des isolats canadiens, qui sont groupés en deux branches avec des isolats d’Europe et des Amériques.

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