Identification, characterization and description of Arcobacter faecis sp. Nov., isolated from a human waste septic tank.

Whiteduck-Leveillee, K., Whiteduck-Léveillée, J., Cloutier, M., Cloutier, M., Tambong, J.T., Xu, R., Topp, E., Arts, M.T., Chao, J., Adam, Z., Lévesque, C.A., Lapen, D.R., Villemur, R., et Khan, I.U.H. (2015). « Identification, characterization and description of Arcobacter faecis sp. Nov., isolated from a human waste septic tank. », Systematic and Applied Microbiology. doi : 10.1016/j.syapm.2015.12.002  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons réalisé une étude de classification taxonomique des espèces d’Arcobacter sur des isolats de diverses sources fécales dans le cadre de laquelle nous avons caractérisé, à l’aide d’une méthode polyphasique, une souche AF1078T d’Arcobacter provenant d’une fosse septique de déchets humains située près d’Ottawa, en Ontario (Canada). Les études génétiques montrent que les séquences du gène de l’ARNr 16S, et des gènes atpA, cpn60, gyrA, gyrB et rpoB de la souche AF1078T sont uniques par rapport aux autres espèces d’Arcobacter. L’analyse phylogénétique fondée sur la séquence du gène de l’ARNr 16S a révélé que la souche est étroitement apparentée à Arcobacter lanthieri et à Arcobacter cibarius. L’analyse des séquences des gènes atpA, cpn60, gyrA, gyrB et rpoB donne à penser que la souche AF1078T a formé une lignée phylogénétique indépendante des autres espèces du genre. La séquence du génome entier, l’hybridation ADN‑ADN, le profil des acides gras et l’analyse phénotypique corroborent la conclusion selon laquelle la souche AF1078T représente une espèce nouvelle d’Arcobacter. Nous proposons d’appeler cette souche Arcobacter faecis sp. nov. et la souche type est AF1078T (=LMG 28519T; CCUG 66484T).

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