The nasopharyngeal microbiota of feedlot cattle that develop bovine respiratory disease.

Holman, D.B., McAllister, T.A., Topp, E., Wright, A.-D.G., et Alexander, T.W. (2015). « The nasopharyngeal microbiota of feedlot cattle that develop bovine respiratory disease. », Veterinary Microbiology, 180(1-2), p. 90-95. doi : 10.1016/j.vetmic.2015.07.031  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le complexe respiratoire bovin (CRB) est la principale cause de morbidité et de mortalité chez les bovins d’engraissement. L’objectif de cette étude était de comparer, au moyen d’une biopuce à ARNr 16S haute densité (Phylochip), le microbiote bactérien du nasopharynx des bovins en bonne santé à celui des bovins traités pour un CRB dans un parc d’engraissement commercial. Des échantillons ont été prélevés dans les deux groupes d’animaux (n = 5) à leur arrivée au parc d’engraissement (jour 0) et ≥ 60 jours après leur placement. Les bovins chez qui un CRB était diagnostiqué avaient une diversité bactérienne significativement moins importante et moins d’unités taxinomiques opérationnelles dans leur nasopharynx aux deux moments où les prélèvements ont été faits. Les phylums prédominants dans les deux groupes étaient Proteobacteria et Firmicutes. L’abondance relative du phylum Actinobacteria était moins élevée chez les bovins traités pour un CRB. Au niveau de la famille, l’abondance relative de Micrococcaceae (jour 0 seulement), de Lachnospiraceae (≥ 60 jours), de Lactobacillaceae (jour 0) et de Bacillaceae (jour 0) était plus élevée (p < 0,05) chez les bovins en bonne santé que chez les bovins touchés par un CRB. La structure de la communauté chez les bovins atteints d’un CRB était également significativement différente de celle chez les bovins en bonne santé, pour les deux moments de prélèvement, selon les mesures prises à l’aide de distances UniFrac non pondérées. Tous les échantillons prélevés à l’arrivée chez les bovins atteints d’un CRB présentaient des séquences du gène codant l’ARNr 16S représentatives de la bactérie Mannheimia haemolytica ou Pasteurella multocida associée au CRB, même si pour les 3/5 des bovins en bonne santé, le test de dépistage de M. haemolytica était positif à ce moment du prélèvement. Les résultats indiquent également que le microbiote du nasopharynx des bovins est relativement instable durant les 60 premiers jours dans le parc d’engraissement.

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