Genomic comparison of non-typhoidal Salmonella enterica Serovars Typhimurium, Enteritidis, Heidelberg, Hadar and Kentucky isolates from broiler chickens.

Dhanani, A.S., Block, G.S., Dewar, K., Forgetta, V., Topp, E., Beiko, R.G., et Diarra, M.S. (2015). « Genomic comparison of non-typhoidal Salmonella enterica Serovars Typhimurium, Enteritidis, Heidelberg, Hadar and Kentucky isolates from broiler chickens. », PLoS ONE. doi : 10.1371/journal.pone.0128773  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte. Les sérovars non typhoïdiques de Salmonella enterica associés à différents aliments, dont les produits de volaille, sont des causes importantes de gastro-entérite bactérienne dans le monde. La colonisation de l’intestin du poulet par S. enterica pourrait entraîner la contamination de l’environnement et de la chaîne de production alimentaire. Dans la présente étude, nous voulions comparer le génome de 25 sérovars de S. enterica isolés d’exploitations de poulet de chair dans le but d’analyser leur variabilité intragénétique et intergénétique, en portant une attention particulière aux caractéristiques de virulence et d’antibiorésistance. Méthodologie/ principaux résultats. Nous avons séquencé le génome de 25 isolats de S. enterica englobant 5 sérovars (10 du sérovar Typhimurium, dont 3 du variant monophasique 4,[5],12:i:, 4 du sérovar Enteritidis, 3 du sérovar Hadar, 4 du sérovar Heidelberg et 4 du sérovar Kentucky). La plupart des sérovars étaient regroupés dans des clades phylogénétiques très robustes, sauf les isolats du sérovar Enteritidis, qui étaient dispersés partout dans l’arbre. Nous avons détecté des plasmides de tailles diverses chez plusieurs isolats indépendamment du sérovar. Nous avons trouvé des gènes associés aux plasmides IncF et IncI1 dans 12 et 4 isolats, respectivement, et des gènes associés au plasmide IncQ dans 1 isolat. Nous avons aussi confirmé la présence de nombreux gènes associés aux îlots de pathogénicité de Salmonella (IPS). Les composants des systèmes de sécrétion des types III et IV (SST3 et SST4) ont varié chez les différents isolats, ce qui pourrait expliquer en partie leurs différences de pathogénicité chez les humains ou de persistance chez les poulets de chair. Nous avons décelé des groupes de gènes conservés dans le SST3, qui pourraient être utilisés dans la conception de stratégies de lutte (diagnostic, vaccin ou traitement) efficaces contre Salmonella. Nous avons détecté des gènes (CMY, aadA, ampC, florR, sul1, sulI, tetAB et srtA) et des intégrons de classe I associés à l’antibiorésistance chez les isolats résistants, et tous les isolats étaient porteurs des systèmes de pompe à efflux associée à la multirésistance aux médicaments, et ce, sans égard à leur profil de sensibilité aux antibiotiques. Conclusion/importance. La présente étude a montré que les sérovars de Salmonella qui prédominent chez les poulets de chair sont porteurs de gènes codant des adhésines, des protéines flagellaires, le SST3 et des systèmes de captation du fer ainsi que de gènes de résistance aux antibiotiques et aux métaux, qui pourraient expliquer la pathogénicité, la capacité de colonisation et la persistance de ces sérovars chez le poulet. L’existence d’éléments génétiques mobiles indique que les isolats d’un sérovar donné pourraient acquérir et transférer du matériel génétique. Les gènes conservés que nous avons trouvés dans les SST3 et SST4 sont des cibles prometteuses pour l’établissement d’un diagnostic et la lutte antimicrobienne ou vaccinale en vue de la maîtrise de Salmonella chez les poulets de chair.

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