Molecular characterization of a Strawberry mild yellow edge virus isolate from Canada.

Ma, X., Cui, H., Bernardy, M.G., Tian, L.-N., Abbasi, P.A., et Wang, A.M. (2015). « Molecular characterization of a Strawberry mild yellow edge virus isolate from Canada. », Canadian Journal of Plant Pathology, 37(3), p. 369-375. doi : 10.1080/07060661.2015.1053990  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Au cours des dernières années, la production de fraises au Canada et aux États-Unis a été fortement touchée par des symptômes aigus de dépérissement des fraisiers. Le dépérissement serait causé par des infections synergiques à plusieurs virus, dont le virus de la jaunisse du fraisier (en anglais, strawberry mild yellow edge virus ou SMYEV) et le virus de la marbrure du fraisier (en anglais, strawberry mottle virus ou SMoV). Pour mieux comprendre les virus pathogènes responsables, nous avons cloné et séquencé le génome entier d’un isolat du SMYEV, AB5‑2, provenant d’une fraiseraie de l’Île-du-Prince-Édouard. Le génome viral d’AB5‑2 est formé de 5 969 nucléotides, sans l’extrémité 3ʹ‑terminale poly(A). Nos recherches dans les bases de données du NCBI nous ont permis d’identifier 2 isolats du SMYEV (MY-18 des États-Unis et D74 de l’Allemagne) pour lesquels la séquence du génome complet était documentée et 28 isolats du SMYEV pour lesquels la séquence des protéines de l’enveloppe avait été déterminée. Au niveau du génome, la séquence de nucléotides de l’isolat du SMYEV du Canada est identique à 86 % et à 90 % à celles des isolats MY-18 et D74, respectivement. L’analyse phylogénétique de toutes les séquences protéiques des enveloppes disponibles nous a permis de répartir les 28 isolats du SMYEV en 5 phylogroupes, y compris l’isolat AB5-2 constituant à lui seul un nouveau groupe, ce qui donne à penser que cet isolat du Canada se distingue des isolats du SMYEV d’autres pays. Le présent rapport constitue la première caractérisation moléculaire d’un isolat du SMYEV provenant du Canada.

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