Genome-wide analysis of cyclophilin gene family in soybean (Glycine max).

Mainali, H.R., Chapman, P., et Dhaubhadel, S. (2014). « Genome-wide analysis of cyclophilin gene family in soybean (Glycine max). », BMC Plant Biology, 14(282). doi : 10.1186/s12870-014-0282-7  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte : Les cyclophilines (CYP) appartiennent à la superfamille des immunophilines et ont une activité enzymatique qui en fait des peptidyl-prolyl cis-trans isomérases (PPIases). Les PPIases catalysent l’interconversion entre les configurations cis et trans de la liaison peptidyl-prolyl amide des peptides, étape cinétiquement limitante du repliement des protéines. Des études ont révélé l’importance de nombreuses PPIases chez les végétaux, mais aucune analyse n’avait été faite à l’échelle du génome entier sur les gènes CYP d’une légumineuse. Résultats : Nous avons fait une recherche exhaustive dans les bases de données et avons repéré dans le génome du soja 62 gènes CYP (GmCYP1 à GmCYP62), répartis entre 18 chromosomes. Dix de ces gènes codaient des protéines à domaines multiples, tandis que 52 codaient des protéines à domaine unique. La plupart des GmCYP prédites se regroupaient par paires, ce qui concorde avec une duplication ancienne du génome. Une analyse de la structure des gènes a révélé la présence d’introns dans les régions codant les protéines ainsi que dans les régions 5′ et 3′ non traduites; la taille, l’abondance et la répartition de ces introns variaient parmi les gènes CYP. Une analyse de l’expression des gènes GmCYP dans les tissus du soja a permis de mettre en évidence des régimes d’expression propres à chaque tissu. Conclusions : Globalement, nous avons repéré 62 gènes CYP dans le génome du soja, ce qui constitue la plus grande famille de gènes CYP connue à ce jour. La présente étude est la première à porter sur les gènes CYP d’une légumineuse à l’échelle du génome entier. L’expansion prise par cette famille de gènes chez le soja et leur répartition parmi les chromosomes laissent fortement croire que des duplications segmentaires et des duplications en tandem sont survenues dans l’ensemble du génome.

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