Characterization of complete genome and small RNA profile of pagoda yellow mosaic associated virus, a novel badnavirus in China.

Wang, Y., Cheng, X., Wu, X., Wang, A.M., et Wu, X. (2014). « Characterization of complete genome and small RNA profile of pagoda yellow mosaic associated virus, a novel badnavirus in China. », Virus Research, 188, p. 103-108. doi : 10.1016/j.virusres.2014.04.006  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Un séquençage à haut débit des petits ARN nous a permis de découvrir un nouveau badnavirus chez des sophoras dont les feuilles présentaient des symptômes de mosaïque jaune. Nous avons pu établir que le génome complet de ce virus comprend 7424 nucléotides, avec une identité de séquence de 40,4 à 45,1 % par rapport aux autres badnavirus. Le génome compte 5 cadres de lecture ouverts (ORF) sur le brin positif, dont trois ORF badnaviraux conservés. Ces résultats semblent indiquer que le nouveau virus appartient au genre Badnavirus de la famille des Caulimoviridae. Nous avons provisoirement appelé le virus pagoda yellow mosaic associated virus (PYMAV). Une analyse phylogénétique semble indiquer que ce virus forme avec le gooseberry vein banding virus (GVBV) et le grapevine vein-clearing virus (GVCV) un groupe distinct des autres groupes bien caractérisés de badnavirus. De plus, nous avons établi le profil des petits ARN viraux (vsRNA) du PYMAV et l’avons comparé à celui de divers virus de la même famille. Nous avons ainsi constaté que les vsRNA de 21 nt sont les plus abondants chez le PYMAV, tandis que les vsRNA de 22 ou 24 nt prédominent chez les autres virus de la même famille. Le génome du PYMAV comporte pratiquement autant de vsRNA sens que de vsRNA antisens, tandis que les vsRNA sens sont les plus fréquents dans le génome des autres virus de la même famille. Enfin, les vsRNA du PYMAV sont répartis de manière symétrique le long du génome, sans foyers évidents de génération de vsRNA.

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