Genome Re-Sequencing and Functional Analysis Places the Phytophthora sojae Avirulence Genes Avr1c and Avr1a in a Tandem Repeat at a Single Locus.

Na, R., Yu, D., Chapman, B. P., Zhang, Y., Zhang, Y., Kuflu, K., Austin, R.S., Qutob, D., Zhao, J., Wang, Y., et Gijzen, M. (2014). « Genome Re-Sequencing and Functional Analysis Places the Phytophthora sojae Avirulence Genes Avr1c and Avr1a in a Tandem Repeat at a Single Locus. », PLoS ONE, 9(2: Article e89738). doi : 10.1371/journal.pone.0089738  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Ces travaux visaient à cartographier et à identifier le gène Avr1c du Phytophthora sojae. Nous avons vérifié la virulence des descendants du croisement des souches de P. sojae ACR10×P7076 porteurs du gène Rps1c. Les résultats montrent que la ségrégation de l’avirulence est indicatrice d’un caractère dominant. Nous avons cartographié le locus Avr1c par re-séquençage du génome complet de banques composites créées par le groupement d’échantillons. Les lectures de séquences des échantillons avirulents (groupe 1) et virulents (groupe 2) ont été alignées au génome de référence, et nous avons identifié des SNP pour chaque groupe. Dans chaque groupe, nous avons choisi des SNP de qualité pour les emplacements où leur fréquence était proche de celle prévue. Seuls trois emplacements de SNP respectaient tous les critères et ceux-ci étaient relativement près les uns des autres. D’autres marqueurs de l’ADN ont été mis au point et évalués dans la descendance F2, ce qui a permis de préciser la carte génétique et de placer Avr1c dans le groupe des gènes Avr1a. L’expression transitoire des gènes Avr1c ou Avr1a provoque la mort cellulaire chez les plantes Rps1c, mais Avr1c ne provoque pas la mort cellulaire chez les plantes Rps1a. La comparaison des séquences révèle que les effecteurs RXLR des gènes Avr1c et Avr1a sont des paralogues étroitement apparentés. Chez la souche P. sojae P7076, la virulence s’acquiert par délétion génique, mais chez la plupart des autres souches, cette acquisition de virulence se fait par silençage génique. Cette étude fournit des outils pratiques pour l’amélioration des végétaux et le diagnostic de maladies, puisque le gène Rps1c est courant chez les cultivars commerciaux du soja.

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