Impact of manure fertilization on the abundance of antibiotic-resistant bacteria and frequency of detection of antibiotic resistance genes in soil, and on vegetables at harvest.

Romain, M., Scott, A., Tien, Y.C., Murray, R.L., Sabourin, L., Zhang, Y., Zhang, Y., et Topp, E. (2013). « Impact of manure fertilization on the abundance of antibiotic-resistant bacteria and frequency of detection of antibiotic resistance genes in soil, and on vegetables at harvest. », Applied and Environmental Microbiology, 79, p. 5701-5709. doi : 10.1128/AEM.01682-13  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La consommation de légumes est une voie d’exposition humaine directe aux bactéries du sol. Dans la présente étude, nous avons évalué le complément des bactéries résistantes à divers antibiotiques présentes sur les légumes souvent mangés crus (tomates, concombres, poivrons, carottes, radis, laitues) et les variations possibles la manière dont ce facteur peut varier avec la croissance dans un sol fertilisé avec des engrais minéraux ou du fumier de bovins laitiers ou de porcs. Nous avons semé des légumes dans des parcelles de terrain immédiatement après la fertilisation et les avons récoltés lorsqu’ils ont atteint la qualité marchande. Nous avons recherché les bactéries viables résistantes aux antibiotiques dans des échantillons de légumes et de sol en faisant le dénombrement des colonies sur un milieu Chromocult enrichi d’antibiotiques à des concentrations au point critique clinique. Nous avons extrait l’ADN du sol et des légumes, puis nous avons recherché, au moyen de la PCR, 46 gènes cibles associés à des groupes d’incompatibilité plasmidique, à des intégrons ou à des gènes de résistance aux antibiotiques. Le sol ayant reçu du fumier était enrichi en bactéries résistantes aux antibiotiques et en divers déterminants de la résistance aux antibiotiques. Nous n’avons observé aucune augmentation cohérente correspondante de l’abondance des bactéries résistantes aux antibiotiques avec les échantillons de légumes cultivés dans le sol engraissé au fumier. Nous avons détecté de nombreux déterminants de la résistance aux antibiotiques dans l’ADN extrait des légumes cultivés dans le sol non engraissé au fumier. Nous avons de plus détecté un plus petit nombre de déterminants chez les légumes cultivés uniquement dans le sol engraissé au fumier et non dans le sol sans fumier. Dans l’ensemble, la consommation de légumes crus est une voie d’exposition humaine aux déterminants de la résistance ainsi qu’aux bactéries résistantes aux antibiotiques que l’on trouve naturellement dans le sol. Cependant, la détection de certains déterminants chez les légumes cultivés uniquement dans le sol où le fumier avait été fraîchement épandu renforce la pertinence d’un prétraitement du fumier par compostage ou par d’autres procédés de stabilisation, ou de l’imposition de délais entre l’épandage du fumier et la récolte des légumes destinés à la consommation humaine.

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