An enhanced technique combining pre-enrichment and passive filtration increases the isolation efficiency of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli from water and animal fecal samples.

Jokinen, C.C., Koot, J.M., Carrillo, C.D., Gannon, V.P.J., Jardine, C.M., Mutschall, S.K., Topp, E., et Taboada, E.N. (2012). « An enhanced technique combining pre-enrichment and passive filtration increases the isolation efficiency of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli from water and animal fecal samples. », Journal of Microbiological Methods, 91(3), p. 506-513. doi : 10.1016/j.mimet.2012.09.005  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Il faut de meilleures techniques d’isolement de Campylobacter de l’eau et des animaux pour comprendre l’épidémiologie des maladies associées à cette bactérie. Dans cette étude, nous avons examiné l’efficacité de l’enrichissement sélectif en bouillon Bolton (BB), suivi de l’étalement sur gélose au charbon, à la céfoperazone et au désoxycholate (CCDA) [méthode classique] comparativement à une approche d’enrichissement en BB, suivi d’une filtration passive sur membrane (une adaptation de la méthode mise au point dans le cadre de l’analyse de la viande de poulet à griller), pour l’isolement de campylobactéries thermophiles à partir d’échantillons d’eau de surface et de matières fécales d’animaux. Avec la méthode classique, nous avons isolé des Campylobacter de 36,7 % des échantillons d’eau et de 78,0 % des échantillons de matières fécales, et avec la méthode de filtration, nous en avons isolé de 38,3 % des échantillons d’eau et de 76,0 % des échantillons de matières fécale. Pour déterminer la diversité génétique des espèces de Campylobacter jejuni et de Campylobacter coli obtenues avec ces deux méthodes, nous avons comparé les empreintes génomiques des isolats, une technique de sous-typage à grand débit. Nous avons obtenu des nombre de sous-types de Campylobacter semblables avec les deux méthodes : 25, avec la méthode classique, et 28, avec la méthode de la membrane, dans les échantillons d’eau, et 15 et 17, respectivement, dans les échantillons de matières fécales. Même s’il n’y avait pas de différence significative dans les taux de récupération entre les deux méthodes, l’efficacité d’isolement était nettement supérieure avec la méthode de la membrane : nombre de faux-positifs de 1,6 % comparativement à 30,7 % avec la méthode classique. En conclusion, même si les deux méthodes sont comparables sur le plan de la sensibilité, la méthode de la membrane était plus spécifique, donc plus rentable pour l’isolement de C. jejuni et de C. coli à partir d’échantillons d’eau et de matières fécales animales.

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