The detection of Cryptosporidium and the resolution of mixtures of species and genotypes from water.

Ruecker, N.J., Matsune, J.C., Lapen, D.R., Topp, E., Edge, T.A., et Neumann, N.F. (2013). « The detection of Cryptosporidium and the resolution of mixtures of species and genotypes from water. », Infection, Genetics and Evolution, 15, p. 3-9. doi : 10.1016/j.meegid.2012.09.009  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les concentrations de Cryptosporidium dans le milieu environnant ne peuvent être mesurées qu’avec des techniques de détection ultra-sensibles qui permettent d’obtenir des données cruciales sur la diversité génétique au sein du genre, un défi particulièrement ambitieux sur le plan du diagnostic. Dans la présente étude, nous avons évalué l’aptitude de deux techniques à détecter les Cryptosporidium et à distinguer les espèces et génotypes de mélanges se trouvant sur des lames de microscopes et provenant d’échantillons d’eau brute préparés avec la méthode 1623 de l’EPA des É.-U.; il s’agit de la PCR-RFLP répétitive nichée et de la PCR-RFLP répétitive nichée avec dilution limitante de la matrice. Soixante-dix pour cent des échantillons d’eau dans lesquels des oocystes de Cryptosporidium ont été détectés par microscopie à immunofluorescence étaient également positifs aux analyses moléculaires et ont permis l’identification de l’espèce ou du génotype. Quarante et un pour cent des échantillons contenaient plusieurs espèces ou génotypes : 30 échantillons contenaient 3 espèces ou génotypes, et 11 échantillons, 4 espèces ou génotypes. En tout, 29 espèces ou génotypes ont été trouvés et étaient représentés par 102 séquences différentes. Parmi celles-ci, 64 étaient considérées comme des séquences nouvelles puisqu’il n’y avait pas de séquences correspondantes dans GenBank. Ces résultats viennent appuyer l’utilisation des approches de PCR répétitive et à matrice limitante pour la détection et la distinction des différents Cryptosporidium présents dans le milieu environnant et privilégier le séquençage dans l’identification des espèces ou des génotypes de Cryptosporidium présents dans l’eau.

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