Molecular and phylogenetic approaches for assessing sources of Cryptosporidium contamination in water.

Ruecker, N.J., Matsune, J.C., Wilkes, G.A., Lapen, D.R., Topp, E., Edge, T.A., Sensen, C.W., Xiao, L., et Neumann, N.F. (2012). « Molecular and phylogenetic approaches for assessing sources of Cryptosporidium contamination in water. », Water Research, 46(16), p. 5135-5150. doi : 10.1016/j.watres.2012.06.045  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La grande diversité et l’importante hétérogénéité des séquences observées chez les espèces et les génotypes du genre Cryptosporidium nous obligent à emprunter des approches phylogénétiques pour identifier de nouvelles séquences présentes dans l’environnement. Nous avons entrepris une étude à long terme sur les organismes du genre Cryptosporidium dans la zone d’agriculture intensive du bassin de la rivière Nation Sud, en Ontario (Canada). Dans cette étude, 60 types de séquences ont été détectés, parmi lesquels 33 étaient considérés comme nouveaux, puisqu’on n’obtenait pour eux aucune correspondance identique dans GenBank. L’analyse phylogénétique détaillée a révélé que la plupart des séquences appartenaient à 17 espèces et génotypes déjà décrits : C. andersoni, C. baileyi, C. hominis, C. parvum, C. ubiquitum, C. meleagridis, rat musqué I, rat musqué II, souris sylvestre II, renard, campagnol, mouffette, musaraigne, W12, W18, W19 et W25. Deux nouveaux génotypes ont été identifiés : W27 et W28. L’espèce Cryptosporidium andersoni et les génotypes rat musqué II sont les organismes qui ont été détectés le plus souvent dans les échantillons d’eau. Les espèces associées au bétail représentaient jusqu’à 39 % des détections moléculaires, tandis que celles associées aux animaux sauvages représentaient 55 % des types de Cryptosporidium identifiés. La prévalence globale des espèces C. hominis et C. parvum, pathogènes pour l’humain, était de 1,6 % dans l’environnement : le risque que pose Cryptosporidium dans le bassin hydrographique est donc faible pour l’humain. L’analyse phylogénétique et la connaissance des relations hôte-parasite sont essentielles dans l’utilisation du Cryptosporidium comme outil de dépistage des sources de pollution ou d’évaluation des risques pour la santé humaine.

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