Pathogenic and multidrug-resistant Escherichia fergusonii from broiler chicken.

Forgetta, V., Rempel, H., Malouin, F., Vaillancourt Jr., R., Topp, E., Dewar, K., et Diarra, M.S. (2012). « Pathogenic and multidrug-resistant Escherichia fergusonii from broiler chicken. », Poultry Science, 91(2), p. 512-525. doi : 10.3382/ps.2011-01738  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Une souche d’Escherichia spp., ECD‑227, isolée chez des poulets à griller, a précédemment été identifiée comme étant une souche d’Escherichia coli divergente sur le plan phylogénétique et dotée d’une résistance pléïotrope et de nombreux gènes de virulence. Dans la présente étude, nous avons utilisé le séquençage du génome entier et l’analyse comparative des génomes pour caractériser davantage cet isolat. Nous avons déterminé la présence d’antibiorésistance connue et putative ainsi que les cadres de lecture ouverts des gènes de virulence en comparant les espèces pathogènes (E. coli O157:H7 TW14359, APEC O1:K1:H7 et UPEC UTI89) et les espèces non pathogènes (E. coli K‑12 MG1655 et Escherichia fergusonii ATCC 35469). Nous avons séquencé le génome assemblé de 4,87 Mb avec une profondeur de couverture de 18X et avons pu prédire qu’il contenait 4 376 cadres de lecture ouverts. L’analyse phylogénétique des 537 cadres de lecture ouverts présents chez 110 espèces bactériennes entériques a permis de déterminer qu’ECD‑227 était une souche d’E. fergusonii. Le génome de la souche ECD‑227 contient 5 plasmides présentant une similitude avec des plasmides connus d’E. coli et de Salmonella enterica. Des gènes de virulence et d’antibiorésistance ont été observés et localisés dans le chromosome et les plasmides. Nous avons identifié la mutation du gène gyrA (S83L) intervenant dans la résistance à la fluoroquinolone. Les plasmides apparentés à ceux de Salmonella sont porteurs de gènes d’antibiorésistance sur un intégron de classe I (aadA, qacEΔsul1, aac3VI et sulI) ainsi que de nombreux gènes de virulence (iucABCD, sitABCD, cib, traT). En plus d’analyser le génome, nous avons évalué la virulence de la souche ECD‑227 dans un modèle de poussin d’un jour. Dans l’essai sur la virulence, nous avons observé que la souche ECD‑227 provoquait 18 à 30 % de mortalité chez les poussins d’un jour après 24 et 48 heures d’infection, respectivement. Notre étude met en évidence une souche aviaire d’E. fergusonii multirésistante et virulente. L’existence de plusieurs gènes de résistance à diverses classes d’antibiotiques indique que l’infection causée par la souche ECD‑227 serait difficile à traiter au moyen des antibiotiques actuellement offerts pour la volaille.

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