Digital gene expression profiling of the Phytophthora sojae transcriptome.

Ye, W., Wang, X., Tao, K., Lu, Y., Dai, T., Dong, S., Dou, D., Gijzen, M., et Wang, Y. (2011). « Digital gene expression profiling of the Phytophthora sojae transcriptome. », Molecular Plant-Microbe Interactions, 24(12), p. 1530-1539. doi : 10.1094/MPMI-05-11-0106  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons établi le profil du transcriptome de l’oomycète phytopathogène Phytophthora sojae à dix stades d’infection et de développement en utilisant un protocole d’analyse de signatures 3′ (DGE, pour Digital Gene Expression). Plus de 90 millions d’étiquettes de séquences sans ambiguïté ont été produites et comparées au génome du P. sojae et à ses 19 027 gènes prédits. Au total, 14 969 gènes ont été détectés, parmi lesquels 10 044 ont été jugés fiables parce qu’ils ont pu être appariés à des étiquettes non ambiguës. La comparaison de tous les profils d’expression génique a fait ressortir quatre groupes : i) mycélium et zoosporanges, ii) zoospores et kystes, iii) kystes en germination et iv) cinq banques de sites d’infection (IF1,5 à IF24h). Les banques constituées avec chacun des groupes présentaient d’importants changements dans l’expression des gènes. Avec les dix banques, nous avons obtenu 722 groupes de profils d’expression dans lesquels les 16 groupes les plus importants contenaient plus de la moitié des gènes, parmi lesquels des gènes enrichis responsables de plusieurs fonctions dont la localisation de protéines, le métabolisme des triphosphates, des processus de signalisation et le métabolisme d’ARN non codants. L’évaluation du taux d’expression moyen de 30 familles de gènes associés à la pathogenèse a révélé que la plupart étaient induits par l’infection, mais avec des profils et des taux d’expression différents. Nous avons mis sur pied un serveur Web nommé Phytophthora Transcriptional Database.

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