Integration of linkage maps for the Amphidiploid Brassica napus and comparative mapping with Arabidopsis and Brassica rapa.

Wang, J., Lydiate, D.J., Parkin, I.A.P., Falentin, C., Delourme, R., Carion, P.W.C., et King, G.J. (2011). « Integration of linkage maps for the Amphidiploid Brassica napus and comparative mapping with Arabidopsis and Brassica rapa. », BMC Genomics, 12(101). doi : 10.1186/1471-2164-12-101  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte : Le grand nombre de cartes de liaison génétique déjà élaborées pour diverses espèces de Brassica pourrait constituer une plate-forme pour l’étude des caractères culturaux et de l’évolution génomique au sein de toute la famille des Brassicacées. Cependant, il est encore très difficile d’aligner les diverses cartes de liaison existantes. Pourtant, leur intégration permettrait d’améliorer la résolution des analyses génétiques et fournirait un moyen de naviguer entre les divers locus STS (sequence-tagged site) et de suivre les séquences génomiques contigües à mesure qu’elles sont élucidées. Résultats : Nous avons obtenu la première intégration à l’échelle du génome entier des diverses cartes établies pour le genre Brassica, au moyen d’un traitement automatisé en pipeline faisant appel au regroupement des données génotypiques recueillies à l’échelle du génome entier pour les marqueurs STS chez trois populations amphiploïdes (2n = 38) très utilisées de Brassica napus. Dans le cas de chaque population, nous avons choisi des marqueurs représentatifs à partir de cartes globales déjà compilées, puis nous avons dressé une carte schématique des régions délimitées par ces marqueurs. Nous avons ensuite combiné les trois cartes schématiques de manière à obtenir une carte intégrée pour chaque groupe de liaison, en comparant les deux méthodes respectivement fournies par les logiciels JoinMap et MergeMap. La carte génétique intégrée BnaWAIT_01_2010a, que nous avons obtenue au moyen de JoinMap, comporte 5162 marqueurs génétiques et une longueur génétique totale de 1792 cM. La densité cartographique ainsi obtenue, de un locus par 0,82 cM, correspond à 515 kpb et représente au moins un triplement de la densité de locus et de marqueurs des cartes initiales. Dans la carte intégrée du B. napus, nous avons relevé 103 blocs de conservation de synténie entre cette espèce et l’Arabidopsis, dont 5 blocs qui n’avaient jamais été signalés. Nous avons employé la carte BnaWAIT_01_2010a pour étudier l’intégrité et la conservation de l’ordre proposées pour les échafaudages de séquences génomiques générés à partir du génome A constitutif du B. rapa. Conclusions : Nos résultats fournissent une intégration génétique exhaustive du B. napus à partir de diverses sources, ce qui devrait faciliter les recherches sur le colza et le canola.