Development of a DNA Microarray for Enterococcal Species, Virulence, and Antibiotic Resistance Gene Determinations among Isolates from Poultry.

Champagne, J., Diarra, M.S., Rempel, H., Topp, E., Greer, C.W., Harel, J., et Masson, L. (2011). « Development of a DNA Microarray for Enterococcal Species, Virulence, and Antibiotic Resistance Gene Determinations among Isolates from Poultry. », Applied and Environmental Microbiology, 77(8), p. 2625-2633. doi : 10.1128/AEM.00263-11  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons mis au point une biopuce à ADN (Enteroarray) qui contient des sondes ciblant quatre identificateurs taxonomiques spécifiques d’espèce visant la différenciation de 18 espèces d’entérocoque ainsi que d’autres sondes visant l’identification de 18 facteurs de virulence et de 174 gènes de résistance à un antibiotique. En tout, nous avons utilisé 262 gènes pour l’identification rapide de l’espèce des entérocoques isolés tout en caractérisant leur virulence par l’identification simultanée des gènes de résistance endogène aux antibiotiques et des gènes de virulence. Au départ, nous avons identifié les isolats d’entérocoque provenant d’établissements de production de poulets à griller au moyen des galeries API 20 Strep, puis nous avons comparé les résultats à ceux obtenus avec les gènes taxonomiques atpA, recA, pheS et ddl présents sur notre biopuce. Sur les 171 isolats étudiés, nous avons identifié cinq espèces différentes d’entérocoque au moyen des galeries API 20 Strep : E. faecium, E. faecalis, E. durans, E. gallinarum et E. avium. L’Enteroarray a détecté les mêmes espèces que les galeries API 20 Strep en plus des deux suivantes : E. casseliflavus et E. hirae. La comparaison des espèces entre les deux méthodes nous a permis d’observer une non‑concordance de 15 % (27 isolats) pour les cinq espèces identifiées à l’aide des galeries API 20 Strep et de 24 % (42 isolats) pour les sept espèces identifiées à l’aide de la biopuce Enteroarray. La spécificité d’espèce des gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques clés identifiés par la biopuce Enteroarray correspond aux données publiées, ce qui ajoute de la robustesse à la redondance des données taxonomiques issues des sondes. Le séquençage du gène cpn60 a en outre confirmé l’exactitude des résultats obtenus avec la biopuce. Cette nouvelle biopuce devrait se révéler utile pour génotyper avec exactitude les souches d’entérocoques et pour évaluer leur virulence.

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