Multivariate statistical analyses of rDNA and rRNA fingerprint data to differentiate microbial communities in swine manure.

Talbot, G., Roy, C.S., Topp, E., Beaulieu, C., Palin, M.-F., et Massé, D.I. (2009). « Multivariate statistical analyses of rDNA and rRNA fingerprint data to differentiate microbial communities in swine manure. », FEMS Microbiology Ecology, 70(3), p. 540-552. doi : 10.1111/j.1574-6941.2009.00749.x  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons traité les données des empreintes d’ARNr et de gènes d’ARNr des communautés microbiennes du lisier de porc par une analyse statistique multivariée et une analyse de la diversité dans le but de différencier les lisiers de porc. Les communautés microbiennes d’un lisier de porcs d’engraissement et d’un mélange de lisiers d’enclos de confinement de truies gravides et de parcs d’engraissement ont été caractérisées au moyen de l’association de la LH PCR (longueur hétérogène) et du T RFLP (polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux) avec des amorces de PCR qui ciblent les bactéries et les archæbactéries, respectivement. L’analyse des groupements par la méthode des paires non pondérées avec moyenne arithmétique, l’analyse en composantes principales (ACP), l’analyse des espèces indicatrices (AEI) et l’analyse de la diversité ont révélé que les méthodes de détermination des empreintes fondées sur l’ARNr ([RT]-LH-PCR et RT-T-RFLP) ont mieux réussi à distinguer les échantillons de lisier que les méthodes fondées sur l’ADNr. La procédure de permutation à réponses multiples appliquée aux données des empreintes génétiques a montré que chaque échantillon de lisier présentait une communauté microbienne distincte. L’ACP et l’AEI ont révélé que les phylotypes d’importance qui caractérisent les différents profils obtenus par LH PCR ou RT LH PCR étaient distribués différemment entre les lisiers, ce qui donne à penser que la structure de la communauté bactérienne était différente de celle de la communauté bactérienne active sur le plan métabolique. Les populations archæbactériennes secondaires ont été mieux détectées par RT T RFLP que par T RFLP. Les résultats ont montré que l’analyse des ARNr de la communauté microbienne pourrait servir à distinguer les échantillons de lisier entre eux et qu’elle conviendrait à la surveillance des populations actives sur le plan métabolique.

Date de modification :