A methods comparison for the isolation and detection of thermophilic Campylobacter in agricultural watersheds.

Khan, I.U.H., Gannon, V.P.J., Loughborough, A., Jokinen, C.C., Phillips, R., Kent, R., Koning, W., Lapen, D.R., Medeiros, D.T., Miller, J.J., Neumann, N.F., Robertson, W.J., Schreier, H., Topp, E., van Bochove, É., et Edge, T.A. (2009). « A methods comparison for the isolation and detection of thermophilic Campylobacter in agricultural watersheds. », Journal of Microbiological Methods, 79(3), p. 307-313. doi : 10.1016/j.mimet.2009.09.024  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Différentes espèces de Campylobacter sont responsables d’un nombre extrêmement élevé de maladies entériques dans le monde. Dans le cadre de cette étude, nous avons comparé deux méthodes permettant de détecter les espèces de Campylobacter présentes dans des échantillons d’eaux de surface provenant de bassins hydrographiques agricoles du Canada. La première méthode comprenait la filtration sur membrane (FM) d’échantillons d’eau de 500 ml, suivie de l’enrichissement sélectif en atmosphère microaérophile dans un bouillon de Bolton incubé à 42 °C, de l’isolement des Campylobacter sur CCDA et de la confirmation subséquente de l’identification par analyse PCR. La seconde méthode comprenait la centrifugation (CF) d’échantillons d’eau de 1 000 ml, suivie de l’enrichissement sélectif en atmosphère microaérophile dans un bouillon de Bolton incubé à 42 °C, de l’isolement des Campylobacter sur gélose Karmali modifiée et de la confirmation subséquente de l’identification par une analyse PCR différente. Avec les méthodes CF et FM, le Campylobacter jejuni a été l’espèce de Campylobacter la plus détectée dans 699 échantillons d’eau prélevés dans quatre bassins hydrographiques agricoles du Canada, et la fréquence de détection du C. jejuni s’est avérée similaire avec les deux méthodes. Toutefois, la méthode CF a permis de détecter des fréquences sensiblement plus élevées de Campylobacter coli (17 %) et d’autres espèces de Campylobacter (13 %) que la méthode FM (11 % et 3 %, respectivement). Il est souvent arrivé qu’une méthode permette de détecter des Campylobacter dans un échantillon d’eau alors que l’autre méthode ne le permettait pas dans un échantillon prélevé au même endroit de façon simultanée. D’après notre étude, les taux de récupération des espèces de Campylobacter peuvent varier de manière significative selon la méthode utilisée. Il faut donc user de prudence lorsqu’on compare des études sur la fréquence de détection des Campylobacter aquatiques (sans indication de l’espèce) faisant appel à des méthodes de détection différentes.

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