Recombination analysis of Soybean mosaic virus full-length genome sequences reveals evidence of RNA recombination between distinct pathotypes.

Gagarinova, A.G., Babu, M.R., Strömvik, M.V., et Wang, A.M. (2008). « Recombination analysis of Soybean mosaic virus full-length genome sequences reveals evidence of RNA recombination between distinct pathotypes. », Virology Journal, 5:143. doi : 10.1186/1743-422X-5-143  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La recombinaison de l’ARN est l’un des deux principaux facteurs responsables de la variabilité des génomes à ARN. L’évaluation de l’incidence de la recombinaison chez les phytovirus à ARN nous aide à comprendre comment de nouveaux isolats ont pu se former de même qu’à évaluer l’efficacité des stratégies de protection des végétaux. Dans notre recherche des événements de recombinaison chez le virus de la mosaïque du soja (SMV), un virus transmis par les semences et des pucerons, responsable d’une maladie à incidence mondiale, nous avons obtenu toutes les séquences du génome entier du SMV ainsi que les séquences partielles codant la protéine N-terminale (protéase P1) et la protéine C-terminale (protéine de la capside, CP). Nous avons analysé les séquences à la recherche d’événements de recombinaison à l’aide de diverses approches automatisées et manuelles de détection et de vérification de la recombinaison. L’analyse automatisée a révélé trois sites de recombinaison dans la séquence P1, 10 dans la séquence CP et 17 dans les séquences pleine longueur. L’analyse manuelle a confirmé 10 sites de recombinaison dans trois séquences entières de SMV. À notre connaissance, il s’agit du premier signalement de recombinaison entre différents pathotypes du SMV. Ces données laissent supposer que différents pathotypes de SMV peuvent infecter simultanément une cellule hôte et échanger du matériel génétique par recombinaison. L’incidence élevée de recombinaison chez le SMV permet de penser que la recombinaison joue un rôle important dans l’évolution du SMV. L’obtention d’autres séquences pleine longueur nous aidera à élucider ce rôle.