Selected Antimicrobial Resistance during Composting of Manure from Cattle Administered Sub-Therapeutic Antimicrobials.

Sharma, R., Larney, F.J., Chen, J.M., Yanke, L.J., Morrison, M., Topp, E., McAllister, T.A., et Yu, Z. (2009). « Selected Antimicrobial Resistance during Composting of Manure from Cattle Administered Sub-Therapeutic Antimicrobials. », Journal of Environmental Quality, 38(2), p. 567-575. doi : 10.2134/jeq2007.0638  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le compostage est de plus en plus utilisé pour récupérer les éléments nutritifs du fumier produit par l’industrie de l’élevage. Toutefois, le compostage du fumier d’animaux dont l’alimentation comporte des antimicrobiens n’est pas encore bien caractérisé. Dans le cadre de cette étude, nous avons préparé des andains de compost constitués de fumier de bovins (Bos taurus L.) qui avaient reçu de la tylosine (TY) et de la chlortétracycline sulfaméthazine (TS) ainsi que de bovins témoins qui n’avaient reçu aucun antimicrobien. L’étude de 18 semaines visait à déterminer le nombre total de bactéries E. coli, de E. coli résistantes à l’ampicilline (Ampr) et à la tétracycline (Tetr) ainsi que la présence des gènes tet (résistance à la tétracycline) et erm (résistance à l’érythromycine due à une méthylase). Nous avons constaté que même si, dans les andains, le compost n’atteignait pas la température recommandée de 55 °C pendant 15 jours, le compostage a permis, dès la deuxième semaine, de réduire les taux initiaux élevés des bactéries E. coli ainsi que des bactéries E. coli Ampr et Tetr. Un effet antimicrobien significatif a été observé sur le nombre total de bactéries E. coli (P = 0,04) ainsi que sur les E. coli Ampr (P = 0,03). De la semaine 0 à la semaine 3, nous avons observé des interactions significatives sur le plan antimicrobien х temps (compte total de E. coli : P = 0,04; Ampr : P = 0,02; Tetr : P = <0,001). Nous avons constaté une faible quantité absolue de gènes tet et erm (<106 copies/g), et la dynamique variait selon les gènes de résistance. Par exemple, à la semaine 11, la quantité des gènes tetA, tetC et ermA avait légèrement diminué par rapport aux semaines 0 et 5, et la quantité des autres gènes (tetG, RPP tet [gène codant la protéine de protection des ribosomes contre la tétracycline], ermB, ermC, ermF, ermT et ermX) avait diminué à l’occasion des différents moments d’échantillonnage pour la plupart des traitements. Ces résultats montrent que même si le compostage a permis de réduire la quantité de bactéries E. coli résistantes aux antimicrobiens, les gènes tet et erm pouvaient toujours être détectés. Nos expériences confirment les avantages de la PCR quantitative par rapport aux méthodes fondées sur la culture pour la détermination rapide de l’efficacité du compostage à éliminer les gènes de résistance aux antibiotiques avant l’épandage du fumier.

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