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Utilisation de la génomique pour comprendre la résistance aux antimicrobiens

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Les antibiotiques jouent un rôle crucial dans la santé des animaux et des humains; toutefois, leur utilisation fréquente est liée à la résistance aux antimicrobiens, qui nuit considérablement à l’efficacité de ces médicaments pour lutter contre les maladies.

Afin de comprendre la contribution des systèmes de production de bétail et d’aliments à la résistance aux antimicrobiens, Ed Topp, Ph. D., chercheur scientifique à Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), coordonne une collaboration de recherche qui regroupe des scientifiques de l’ensemble du gouvernement.

Cette collaboration, menée dans le cadre de l’Initiative de recherche et de développement en génomique du gouvernement fédéral, accomplit déjà des progrès importants après trois ans seulement. L’équipe utilise le logiciel d’analyse intégrée rapide des maladies infectieuses (appelé Integrated Rapid Infectious Disease Analysis) récemment mis au point par des scientifiques du gouvernement fédéral pour analyser des quantités importantes de séquences d’ADN de bactéries résistantes.

Ce nouveau logiciel accroît la capacité du Canada de détecter et de surveiller les bactéries résistantes dans l’ensemble de la chaîne alimentaire. Il permet également aux scientifiques de mieux comprendre quelles bactéries résistantes aux antibiotiques présentes chez la volaille, le porc, le bœuf et dans l’environnement peuvent avoir des effets sur les humains.

Les scientifiques ont identifié un plasmide particulier, une petite molécule d’ADN présente dans des bactéries, qui rend la bactérie Salmonella enterica Heidelberg résistante aux antimicrobiens dans le poulet et la volaille vendue au détail. On sait que cette souche particulière de la bactérie Salmonella cause des maladies chez les humains.

L’équipe a également examiné si les bactéries présentes dans la production bovine pouvaient avoir des effets sur les humains, sur d’autres animaux et sur l’environnement. Jusqu’à maintenant, les résultats indiquent que les entérocoques, les bactéries présentes dans les boyaux et les intestins des humains, sont nettement différents entre les humains et les bovins. Cela donne à penser que ces bactéries que l’on trouve chez les bovins sont peu susceptibles de rendre les gens malades, ce qui est une bonne nouvelle pour les producteurs et les consommateurs canadiens.

« Des bactéries sont présentes chez les humains, chez les animaux, ainsi que dans l’environnement et se propagent aisément entre ceux-ci. Nous devons donc adopter l’approche fondée sur ʺUne santéʺ pour savoir si l’utilisation d’antibiotiques dans la production alimentaire contribue à la RAM chez les humains et, le cas échéant, comment elle y contribue. À cette fin, nous devons comparer les bactéries prélevées chez des malades dans les hôpitaux, chez des animaux destinés à l’alimentation et dans l’environnement où vivent ces animaux. Si elles sont semblables, les chances de transmission des infections des uns aux autres sont plus grandes. »

- Ed Topp, chercheur scientifique, sciences des sols et de l’environnement, Agriculture et Agroalimentaire Canada

Ce projet de recherche quinquennal permettra finalement de mieux comprendre la résistance aux antimicrobiens qui est préoccupante à la fois pour la santé animale et pour la santé humaine.

Principales découvertes et avantages

Galerie de photos

Deux boîtes de Pétri contenant un milieu à base d’agar avec des points blancs.
Les bactéries se propagent entre les humains, les animaux et l’environnement. Les chercheurs peuvent détecter et surveiller les bactéries résistantes dans l’ensemble de la chaîne alimentaire afin de savoir quelles bactéries résistantes aux antibiotiques présentes dans la volaille, le porc, le bœuf et l’environnement peuvent avoir des effets sur les humains.
Un chercheur assis dans un laboratoire montre des éprouvettes.
À l’aide du logiciel d’analyse intégrée rapide des maladies infectieuses récemment mis au point par des scientifiques du gouvernement fédéral, l’équipe de recherche analyse une quantité importante de séquences d’ADN de bactéries résistantes.

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